Для рутинной микроскопии используются цветные CMOS-камеры с разрешением от 3 мегапикселей и выше, позволяющие получать качественные изображения при достаточных условиях освещенности в световой микроскопии: светлое поле, фазовый контраст, рельефный контраст, PlasDIC.
Такие камеры обычно имеют цифровой интерфейс USB 3.0 / USB 3.1 для обеспечения достаточно высокой скорости передачи. Есть модели, которые могу подключаться напрямую к HDMI-монитору, передавать данные через локальную сеть Ethernet или беспроводным способом по Wi-Fi.
Относительно не высокая стоимость делают такие камеры удачным инструментом для документирования изображений в ходе рутинных исследований в небольших лабораториях.
Когда изображения используются для публикаций или морфометрического анализа большое значение приобретает качество получаемого изображения: точность воспроизведения цвета и детализация (разрешение) структуры исследуемых объектов.
Для таких целей в научно-исследовательских лабораториях, крупных медицинских и промышленных лабораториях используются камеры высокого разрешения с большим динамическим диапазоном, обеспечивающие точность передачи структуры и цвета объектов. Эти камеры можно использовать при съемке изображений с различных методов контрастирования: светлое поле, темное поле, поляризация, ДИК, флуоресценция. Для стабильности придлительной экспозиции камеры могут иметь охлаждение Пельтье.
Монохромные камеры используются когда четкость и точность передачи яркости и структуры объектов важнее, чем информация о цвете. Область применения таких камер, например, материаловедение - съемки объектов в отраженном свете (зернистость, гранулометрия); в работе с биологическими объектами такие камеры используются в цитогенетике или при съемке объектов c применением фазового контраста.
При работе с флуоресцентными методиками анализа изображений, такими как, FISH и Comet Assay, так же используются монохромные камеры с высокой чувствительностью и низким уровнем собственных шумов для определения слабых сигналов, такие камеры могут иметь охлаждение на основе элементов Пельтье.
Для исследований в ИК-диапазоне применяются монохромные камеры без светофильтра ИК-отсечки.